上海科学院教学现场
1977年11月25日，中共上海市委发文《关于成立上海市科学技术委员会、中国科学院上海分院和上海科学院、恢复上海市科学技术协会的通知》，决定成立中国科学院上海分院和上海科学院（两块牌子、一套班子），统一领导有关科研单位，办公地点在岳阳路319号。
1987年7月，上海科学院实行独立建制，随后办公地点由岳阳路319号迁至中山南二路969号（后又迁至科苑路1278号）。实行独立建制后的上海科学院的任务是管理下放到上海的中央各部门科研机构和部分市科委所属的独立的研究单位和事业单位，协调原属市科委、上海科学院代管的中央部属所的工作，组织这支科技力量为上海经济建设和科技事业的发展服务，并积极探索技术开发机构与企业紧密结合的途径。据2018年1月上海科学院官网资料显示，科学院院系统有直属单位14家，市属单位8家，部属单位19家。
2016年，院系统有重点实验室12个，其中国家级6个；工程技术研究中心12个，其中国家级2个；检测中心16个，其中国家级13个 [7] 。
直属单位：上海仪器仪表研究所、上海市脑血管病防治研究所、上海市纳米科技与产业发展促进中心、上海集成电路技术与产业促进中心、上海计算机软件技术开发中心、上海实验动物研究中心、上海知识产权培训中心、上海生物信息技术研究中心、上海南方模式生物研究中心、国家人类基因组南方研究中心、上海科耀科技发展有限公司、上海新能源科技成果转化与产业促进中心、上海市轴承技术研究所。
市属单位：上海材料研究所、上海市计算技术研究所、上海市激光技术研究所、上海市计划生育科学研究所、上海市科学学研究所、上海科技管理干部学院、上海专利商标事务所有限公司、上海市能源研究所。
中央在沪单位：中国电子科技集团公司第二十一研究所、中国电子科技集团公司第二十三研究所、中国电子科技集团公司第三十二研究所、中国电子科技集团公司第五十研究所、中国电子科技集团公司第五十一研究所、中国船舶重工集团公司第七〇一研究所上海分部、中国船舶重工集团公司第七〇二研究所上海分部、中国船舶重工集团公司第七〇四研究所、中国船舶重工集团公司第七〇五研究所上海技术工程部、中国船舶工业集团公司第七〇八研究所、中国船舶重工集团公司第七研究院第七一〇研究所试验站、中国船舶重工集团公司第七一一研究所、中国船舶重工集团公司第七二六研究所、中国船舶重工集团上海工程建设技术开发处、中国工程物理研究院上海激光等离子体研究所、核工业第八研究所、中国工程物理研究院上海办事处、中国煤炭科工集团上海研究院、中国图书进出口上海公司。
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