1921年7月，中国共产党第一次全国代表大会在上海秘密召开，后因受到法租界巡捕的干扰而转移到嘉兴南湖的一艘游船上继续进行。

1959年初，中共嘉兴县委根据地委指示，建立南湖革命纪念馆筹建委员会及办公室，筹建经费由中央文化部拨款3万元。由于中共一大会议是以游客泛舟为掩护，租用游船在舱中秘密举行，而原船已不可追踪，同类游船也已绝迹。因此筹建开始的主要工作是弄清开会时游船的形制，经过大量的调查访问，根据老船工的回忆，仿制了一只单夹弄丝网船模型送中央审定。得到了中共一大代表董必武的肯定，遂据以放大仿制。

1959年10月1日南湖革命纪念馆在烟雨楼正式成立，对外开放，陈列展出纪念船和“中共一大史料”。

1985年9月邓小平为南湖革命纪念馆题写馆名。1986年1月胡耀邦题写了“中共一大会址”。

1990年6月，中共嘉兴市委采纳5名政协委员建议，同意市委组织部、宣传部等15个单位的倡议，决定开展“我为南湖增光辉”活动，集资兴建南湖革命纪念馆。选定了南湖渡口北侧为南湖革命纪念馆馆址，占地面积3870平方米。1990年10月1日奠基动工兴建。共集资320余万元。

1991年6月，由嘉兴人民捐资建造的南湖革命纪念馆馆舍在南湖东岸落成并对外开放。、1997年6月被中共中央宣传部确定为全国爱国主义教育示范基地，成为向广大人民群众特别是青少年进行革命传统教育和爱国主义教育的重要基地。

2005年10月，南湖革命纪念馆扩建项目获得中央有关部门批准。新馆选址在南湖南岸，于2007年3月5日开工建设，新馆于2011年建党九十周年之际正式对外开放。